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Gerei o CNES da Farmácia Popular no site no dia 20/06, fiz o cadastro no meu sistema, corrigi todas as inconsistências que tinham e, exportei para o Datasus no dia 03/07. Confirmei que ela estava na relação dos estabelecimentos exportados mas, agora, não a encontro no site, na base de dados federal. O que poderá ter acontecido? Será q vou ter q cadastrar e exportar novamente?

Depois que vc gerá o Nº do CNES no site vc tem 30 dias para carregar esse nº se não ele expira, foi o que aconteceu vai na relação de nº expirados do seu município no site este nº vai estar lá.
Só gere os nºs quando vc tiver certeza que poderá enviar a carga em tempo hábil.

Não acho q tenha sido isso. Se vc reparar bem, não teve 30 dias entre a geração do numero com a data da exportação.

As vezes deu pau no meio do caminho e o cadastro não chegou, isso acontece também. Vc verificou como te falei se o CNES que vc gerou ja expirou? Sabe pq tu tens que ver isso? Se ele expirou aconteceu o que eu te disse, se não foi outra coisa!

Sim, verifiquei, mas não consta nos expirados.

É tu vai ter que conversar com o pessoal do DATASUS mesmo!