Boa Tarde Sergio
Aparentemente você então está importando uma grande quantidade de dados.
Eu trabalho com Sistemas de Terceiros e Bancos de Dados Firebird também.
O que posso te sugerir de momento é ter memória no computador, pelo menos uma máquina com 8GB, mas atualmente já está começando a ser padrão um mínimo de 16GB para atividades de maior processamento, tudo depende, não sei qual o teu nível de processamento necessário. O BPA-MAG utiliza uma base que roda no Firebird, e você tendo memória na máquina pode dar mais memória dedicada ao Firebird.
Procure no arquivo de configurações do firebird (firebird.conf) pela linha
DefaultDbCachePages = 2048
A tua pode ter algum valor diferente, tente aumentar assim:
#DefaultDbCachePages = 2048
DefaultDbCachePages = 4096
O caracter # siginifica que a linha ficou em comentário.
Pare o Serviço do Firebrid e reinicie, se a máquina não tiver memória suficiente o serviço não vai reiniciar, aí você terá que colocar uma quantidade menor para o Firebird ou voltar no que era antes.
Não sei se irá resolver no teu caso, mas se o problema for indexação no Firebird você já sentirá a diferença.
Outra coisa que ajuda é a velocidade de disco, se você puder ter o BPA-MAG rodando em uma unidade que for SSD, será mais rápido do que em uma unidade de HD normal, e ainda se colocar em uma unidade NVME, será ainda melhor que o SSD. Se você puder adquirir uma máquina equipada com unidade NVME, isto com certeza te fará diferença.
Se você tiver bastante prática de informática e tiver memória suficiente, pode ainda adotar um disco virtual em RAM, mas isto já é mais avançado e tem vários detalhes a cuidar para que a base Firebird sempre fique consistente. Se precisar saber como fazer, pode me enviar mensagem.
Um dos problemas com o firebird e aplicações com ele, é que ele não possui Inserção em blocos, é necessário uma inserção de cada vez. Na verdade tem uma opção que é o bulk insert, mas pelo que vi o BPA-MAG não utiliza esta estratégia. Este é um ponto que não se tem o que fazer, só com uma manutenção no cógido do BPA-MAG, aí depende da prioridade o pessoal do DATASUS

Só sobra mesmo, eu acho, a opção de melhorar o equipamento por enquanto.
Roberto Novakosky