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Ao Ministério da Saúde,

Em Janeiro/2012, teremos uma progressiva utilização do Cartão Nacional de Saúde do Paciente e Profissional, o CNS do Profissional, por exemplo, de um médico, é o mesmo CNS dele na condição de paciente?

Sim, o CNS por municípes é único, ou seja, o mesmo CNS vale para quando a pessoa atua como profissional de saúde ou paciente.
Lembrando que o CNS válido para os profissionais é o cadastrado no site do CNES.
Segundo o Ministério da Saúde, a base de profissionais do CNES foi transferida para a base nacional do Cartão Nacional de Saúde.