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Bom dia!

Gostaria de saber se o programa do CNES é compativeis com os sistemas LINUX.

Não, a compatibilidade dele é apenas com Windows XP e Windows 7.

Mas não sei se roda no Linux usando o programa 'Wine', tenta instalar o wine e rodar com ele . Tentar não custa nada

Rodar até roda no wine, mas é muito empenho para pouco retorno. O melhor é dispor do Xp mesmo. Fazer o que se os programas do DataSUS são desenvolvidos para Win32.
Depois se der algum problema vão falar que foi pelo fato de estar rodando em sistema não homologado.

Cordialmente;